En un principio pensaba que la herramienta de niemasd no funcionaba bien, pero en realidad sí que funciona, lo que estaba fallando era otra cosa. Como el compresor que usamos no es exactamente el mismo que usó Squaresoft en los 90s los archivos al comprimirse no ocupan lo mismo que los originales. Luego resulta que en el SLPS están softcodeados tanto los offsets de los archivos que componen el NPK como sus tamaños, y eso es precisamente lo que fallaba: una vez se recomprimen los archivos, hay que actualizar las tablas con los nuevos tamaños. Si se hace bien, los archivos cargan correctamente.
Otra observación: la estructura del nuevo NPK ha de ser la misma que el original, es decir, si está compuesto por 32 archivos concatenados, hay que respetar todo, desde el relleno habitual, hasta el relleno estructural que según he visto hay cada 5 archivos y en el archivo final a modo de cierre. También hay que respetar los offsets en los cuales empieza cada archivo, que por cierto se resetean a cero cada 5 archivos para complicarlo todo más todavía.
En definitiva, que no me extraña que nadie haya tocado nunca este juego, parece bastante complejo de hackear, pero me gustan los retos así que voy a seguir.
Aún haciéndolo todo bien, he visto un pequeño bug de visualización: el primer elemento seleccionado no se visualiza, hasta que no toco los cursores hacia la derecha o la izquierda y vuelvo al objeto en cuestión, no se visualiza, lo cual me da mucho TOC, pero bueno, ya veremos si se puede solucionar.
Seguiré investigando.